21 апреля 1964 года чиноначалием Русской Православной Церкви епископ Костромской и Галичский Никодим определён епископом Аргентинским и Южноамериканским для духовного окормления православных верующих, переселенцев из Украины, России и Белоруссии, проживающих на далёком Латиноамериканском континенте.
Исполнением апостольского завета «Братолюбие между вами да пребывает» (Евр.13,1) стали искренние и добрые отношения владыки с иерархами Православных Церквей, представителями других Христианских конфессий в Южной Америке.
Нередкими были встречи владыки Никодима с видными государственными и общественными деятелями Аргентины и Чили. Если вначале аргентинские власти предоставили епископу Никодиму визу на пребывание в стране в течение трёх месяцев, то затем ему выдаётся так называемое «свидетельство о принадлежности» («cedula dе indificate»), которое даёт право на проживание в Аргентине пожизненно.
Главной стороной служения оставалась молитва пред алтарём Господним, совершение таинств и отеческое духовное окормление православных верующих далёкой и живописной Южной Америки. За многие труды, к которым следует отнести и строительство в Аргентине трёх новых православных храмов (в том числе Благовещенского кафедрального собора в Буэнос-Айресе) и учреждение в Республике Чили первого русского православного прихода, в 1968 году преосвященный Никодим возведён в сан архиепископа, а в 1970 году назначен Патриаршим Экзархом Центральной и Южной Америки, включая Мексику, и пребывал на этом посту до 1977 года.
В 1970 году под редакцией владыки на испанском языке издаётся «Служебник» («Литургикон») — чин Божественных литургий Иоанна Златоустого, Василия Великого и Григория Двоеслова. Специалисты признали его лучшим в Латинской Америке переводом православных литургий на испанский язык.