Митрополит Львовский и Дрогобычский Никодим 13 сентября 1989 года Священным Синодом Русской Православной Церкви вновь назначен на Харьковскую кафедру. Исторически оценивая период конца 1980-х годов, его, без преувеличения, можно охарактеризовать как время, исполненное особых знамений, время благотворного возрождения, которое уже сейчас многие богословы и историки называют Вторым Крещением Руси. Перемены в жизни Церкви и общества на исходе ХХ столетия привели к восстановлению монастырей, открытию новых приходов, Духовных школ и периодических изданий.
В 1990 году, в праздник Входа Господня в Иерусалим, митрополит Харьковский и Богодуховский Никодим освятил главный храм Свято-Покровского монастыря, возвращённого, по просьбе верующих, Харьковской епархии. В 1993 году на территории Покровского монастыря открылось Духовное училище, через три года преобразованное в семинарию.
Проходивший в Покровском монастыре в мае 1992 года Харьковский Архиерейский Собор открыл новую страницу в истории Украинской Православной Церкви, получившей в 1990 году от святой Кириархальной Матери-Церкви право широкой автономии.
В сложной ситуации в церковной жизни Украины, связанной с раскольнической деятельностью бывшего митрополита Киевского, Священный Синод Матери-Церкви вынес решение: митрополиту Харьковскому и Богодуховскому Никодиму, старейшему по хиротонии архипастырю в Украине, созвать и возглавить Собор Епископов Украинской Православной Церкви. Отвергнув пагубный раскол, участники Собора приняли судьбоносное решение — быть в единении со Вселенским Каноническим Православием, нерушимо соблюдать верность историческому пути, указанному святым апостолом Андреем Первозванным, святым равноапостольным князем Владимиром и тысячелетним подвигом стояния в православной вере народа Святой Руси.
«Едиными усты и единым сердцем» Харьковский Архиерейский Собор избрал Предстоятелем Украинской Православной Церкви Блаженнейшего Владимира, ставшего 121-м митрополитом Киевским в истории Святого Православия.
Немалые труды были приложены высокопреосвященнейшим Никодимом для реабилитации и канонизации в 1993 году священномучеников Слободского края. В том же году Синодом Украинской Православной Церкви митрополит Никодим удостоен права ношения двух панагий. Священноначалием отмечена богословско-гимнографическая деятельность владыки, возглавлявшего Богослужебную комиссию при Священном Синоде Русской Православной Церкви и Комиссию по канонизации святых при Священном Синоде Украинской Православной Церкви.
За многогранную научно-богословскую и литературную деятельность, редакторские труды по изданию газеты «Харьковские епархиальные ведомости», возрождение закрытого в 1917 году богословско-философского альманаха «Вера и ра¬зум» (самый первый философский журнал в Российской империи, основанный в 1884 году архиепископом Харьковским и Ахтырским Амвросием (Ключарёвым; †1901)) владыка Никодим избран доктором богословия honoris causa Киевской Духовной академии и Варшавской Христианской Богословской академии, почётным доктором Харьковского национального университета имени В. Н. Каразина и других высших учебных заведений, почётным членом Союза писателей Украины и Союза писателей России, членом Союза журналистов Украины.
Старейший архиерей Матери-Церкви, один из старейших иерархов Вселенского Православия, митрополит Харьковский и Богодуховский Никодим отмечает: «Не хочу сказать, что во время своего архипастырского служения я сотворил какие-то чудеса. Боже сохрани! Я делал то, что мог делать, и не сделал того, чего сделать не мог. Всматриваюсь в прожитые мною годы для того, чтобы понять: так ли, как надлежит, распорядился я ниспосланным мне Господом даром жизни. И когда предо мной предстают труды прожитых мною лет, я по-детски радуюсь, подобно голландскому художнику Рембрандту, который, взглянув на свою картину двадцатилетней давности, произнёс: «Я не зря прожил жизнь». И мне также хочется сказать: «Слава Богу, я не зря прожил жизнь». Благодарение Милосердному Богу за то, что Он защищал меня и помогал мне на моём веку. Иногда передо мной разверзались такие пропасти и высились такие утесы, что вполне можно было свернуть с прямого пути. И надеюсь, что до последнего мгновения моих земных дней Господь будет поддерживать меня Своей Святой Десницей. А я и впредь буду отдавать все свои силы для того, чтобы в мире ни на йоту не посрамилась Вселенская Православная Церковь, которую я безгранично люблю, ради которой я живу, за которую, если будет нужно, я готов умереть, до последнего своего вздоха не уставая повторять: «Слава Богу за всё!».